Luego de la traza urbana de Lima, realizada en los primeros años de la Colonia, se dispuso la existencia de una pequeña plazuela de planta trapezoidal, conocida como la plaza del Estanque, lugar hoy conocido como la plaza Bolívar. Al este de esta plaza, en los terrenos hoy pertenecientes al Congreso de la República, existía una casa de recogimiento para jóvenes mestizas, hijas de conquistadores en esta ciudad, conocida con el nombre de San Juan de la Penitencia, la cual fue fundada en 1550.

Los objetivos iniciales de esta institución, consistieron en brindar ayuda y protección a las jóvenes mujeres descendientes de conquistadores que se encontraran en desamparo, principalmente en atención a su origen y como un reconocimiento a la labor de los conquistadores de esta tierra, pues debido a los problemas suscitados por las continuas guerras civiles que sufrió el Perú por más de veinte años, habían terminado por dejar en la pobreza y la orfandad a algunas de las familias mestizas de estos españoles. Las pocas referencias existentes sobre esta institución indican que esta poseía grandes espacios de terreno, dado que además de los ambientes propios para el alojamiento de las jóvenes mestizas, así como de sus custodias y tutoras, poseían huertas y corrales inmediatos a estos ambientes.

El Virrey Andrés Hurtado de Mendoza, Marqués de Cañete, en una carta dirigida a su Majestad el 15 de septiembre de 1556, llegaba a precisar con respecto a la fundación y funcionamiento de la casa de recogimiento en Lima que:

"En este reino hay cantidad de mestizas, de ellas, hijas de conquistadores y otras de pobladores, que han muerto, algunos de ellos, en servicio de Vuestra Majestad, que, con haberles faltado sus padres, han padecido y padecen necesidad, así de bienes como de enseñamiento de buenas costumbres y recogimiento, y, para que en estas se recojan y otras doncellas pobres que, de cada día, se ofrecen venir de España, he ordenado que en esta ciudad de Los Reyes se funde una casa de recogimiento para ellas, intitulada "San Juan de la Penitencia", la cual, para su fundación, tiene solares y chácaras y algún ganado y servicio de negros, y mandas que algunas personas han hecho para esta obra, lo cual he mandado recoger, para que se junte, y, demás de esto, para ayuda al edificio, le libré en tributos vacos, mil y quinientos pesos y mil pesos, cada año, de renta en ellos, hasta que otra cosa Vuestra Majestad en ello provea, y, por la buena relación y vida de doña Catalina de Arguelles, viuda, mujer, que fue, del licenciado Cepeda, se le ha dado a cargo esta casa, para que esté dentro en ella e imponga de buenas costumbres a las que allí entraren, y así se remediarán muchas huérfanas y se sacarán de allí para casar, y tenga Vuestra Majestad por cierto que esto es una obra y limosna muy grande, y que, siendo Vuestra Majestad servido, habrá menester cinco o seis mil pesos de renta en lo mismo". (Archivo General de Indias. Lima, 28 A. En Eguiguren:1951.II)

Posteriormente en 1576, según el Virrey Francisco Toledo, los objetivos al crear esta institución fueron paulatinamente decayendo, haciéndose incluso dificultoso el sostenimiento de esta casa de recogimiento debido a que los fondos ahí asignados fueron suspendidos. Decía al respecto el Virrey Toledo, en los títulos de provisión de la Universidad de San Marcos :

"...y que el efecto para que se fundó la dicha casa no se ha conseguido, porque lo presente no hay sino dos o tres mestizas a quienes se puede dar remedio (...) y por la brevedad de mi partida, se suspendió y se quitó después por ejecutoria real del Consejo la poca renta que estaba aplicada para la dicha casa, quedando las dichas mestizas sin ninguna y con mayor libertad para poderlas tener con la decencia que convenía, sin embargo de haberlas tenido a cargo de personas principales y de confianza; y así mismo, por el grande inconveniente que ha sido haberse dado ocasión con la dicha casa a que las mujeres que tenían diferencias con sus maridos, con facilidad iban y han ido y están en las dichas casas y eran recibidas en ellas, sin otro mandato ni autoridad de justicia ni superior...". (en Cobo [1639] 1882: 238)

Hacia 1576 esta institución se encontraba prácticamente extinguida; por ello la propiedad fue puesta en remate, siendo adquirida a nombre de los fundadores por el reverendo Francisco de Berríos en 2,800 pesos. Por aquellos años, la Universidad de San Marcos, requería de un nuevo local, por la estrechez e incomodidad del local original de su fundación. Por estas razones el Virrey Toledo expidió una provisión el 3 de Octubre de 1576, por la cual el Rector de la Universidad, Don Marcos de Lucio, entraba en posesión (Valcárcel 1968).

En la "Estadística Histórica del Departamento de Lima" de Córdova y Urrutia, se indica escuetamente sobre el cambio de destino de esta institución, señalando que:

"Deseando los doctores dar a la Universidad local mas propio y decente, tomaron el que, con el nombre de san Juan de la Penitencia, ocupaba el Gimnasio o recogimiento de mestizas hijas de conquistadores dando a doña Constanza de la Vega administradora de él, dos mil pesos como compensativo de la dejación que hacían; al cual se trasladaron en 1576..." (1838:48)

La traslación de la Universidad a este local sin embargo, no fue inmediata debido a la solicitud que habían hecho las madres tutoras de esta casa de recogimiento al mismo Rey, con el objeto de fundar ahí un monasterio de monjas, aun antes de conocerse la decisión del Virrey y de los Doctores de San Marcos para adquirir dicho local. Fue necesario por ello, esperar el arribo de la flota del mar del sur que trajera noticias al respecto de este petitorio. En los títulos de la Universidad del 3 de octubre de 1576, consta este hecho reseñado por el propio Virrey Toledo, donde señalaba:

"...y por que tengo relación que de la dicha casa se ha enviado a pedir a su Majestad para fundar un Monasterio de monjas de ella, y se aguarda respuesta en esta primera flota, mando que hasta tanto sea venida la flota y reciban en esta ciudad los despachos de su Majestad y se vea lo que sobre ello es servido despachar, que no se pueda edificar en la dicha casa, ni derribar nada de lo hecho, sino que como está al presente se esté el edificio de ella, y que si venida la flota su Majestad no hiciere merced de la dicha casa para el Monasterio, pueda el dicho Rector y los que le sucedieren edificar las escuelas y hacer de la dicha casa lo que parea ellas mas conviniere, con tanto que fuera la Universidad hubiere dado y prometido a la administración de la dicha casa y mozas mestizas, lo cumpla y satisfaga a las personas que hubieren de fundar el dicho Monasterio, y no de otra manera...". ( en Cobo [1639] 1882: 240)